Index

A

add_vec_inpcrd() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_bpti) add_vec_prmtop() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_bpti)

add_vectors_westpa_files() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) arrange_files() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_bpti) (in module gamd_we.gamd_we_chignolin)

C

clean_for_analysis() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_bpti) (in module gamd_we.gamd_we_chignolin) correction_westpa() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_chignolin) create_bins() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_bpti) create_data_files() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_bpti), [1] (in module gamd_we.gamd_we_chignolin)

create_filetree() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_bpti) (in module gamd_we.gamd_we_chignolin) create_starting_structures() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_bpti) create_vectors() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_bpti)

F

find_bin() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_bpti) (in module gamd_we.gamd_we_chignolin) fix_cap_chignolin() (in module gamd_we.gamd_we_chignolin)

fix_cap_remove_ace() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) fix_cap_remove_nme() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) fix_cap_replace_ace() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) fix_cap_replace_nme() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide)

G

gamd_we module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide module gamd_we.gamd_we_bpti module gamd_we.gamd_we_chignolin module

gamd_we.run_alanine_dipeptide module gamd_we.run_bpti module gamd_we.run_chignolin module

M

module gamd_we gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide gamd_we.gamd_we_bpti gamd_we.gamd_we_chignolin gamd_we.run_alanine_dipeptide gamd_we.run_bpti gamd_we.run_chignolin

N

npt_equilibration() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_bpti)

nvt_equilibration() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_bpti) (in module gamd_we.gamd_we_chignolin)

P

plot_contrib() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_chignolin)

prepare_alanine_dipeptide() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) prepare_bpti() (in module gamd_we.gamd_we_bpti) prepare_chignolin() (in module gamd_we.gamd_we_chignolin)

R

refine_system() (in module gamd_we.gamd_we_chignolin) reweight_1d() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_bpti) (in module gamd_we.gamd_we_chignolin) reweight_2d() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_bpti) (in module gamd_we.gamd_we_chignolin) run_equilibration() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_bpti) (in module gamd_we.gamd_we_chignolin)

run_reweigh() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_bpti) (in module gamd_we.gamd_we_chignolin) run_simulations() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_bpti) (in module gamd_we.gamd_we_chignolin) run_westpa_inputs() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_chignolin)

S

save_frames() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_chignolin) save_we_inputs() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_chignolin)

save_westpa_inputs() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_chignolin) simulated_annealing() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_bpti) (in module gamd_we.gamd_we_chignolin)

T

transfer_files() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_chignolin)

V

versions (in module gamd_we)

W

we_analysis() (in module gamd_we.gamd_we_alanine_dipeptide) (in module gamd_we.gamd_we_chignolin)